公元653年。唐高宗皇位未穩急於用泰山封禪彰顯皇威。自認血統高貴的吳王李恪，臥薪嚐膽圖謀奪回父皇原本留給他的皇位。李恪派死士暗中阻殺，泰山封禪在一場腥風血雨中慘淡收場。唐高宗在打擊後一蹶不振不理朝政。酈貴妃為了製衡在後宮日益壯大的勢力，決定讓唐高宗把身處在感業寺中的武媚娘接回宮中。唐高宗借以感業寺修葺進香為名，帶著官員們一起去寺裏進香禮佛多少以挽回封禪受挫顏麵，並順道將武媚娘接回。狄仁傑帶著富家千金童夢瑤與家丁二寶，隨父親來長安述職。在父親的引見下，狄仁傑與國丈爺刑部尚書王佑仁見麵，狄仁傑這才發現王佑仁之子王元芳竟是當天在市集上遇到了紈絝公子哥。兩人不打不相識，王仕飛告訴狄仁傑感業寺鬧鬼的傳聞，約他一同前往探個究竟。卻隨即發生了一係列恐怖案件……成功破解感業寺疑雲的狄仁傑得到唐高宗和武媚娘的欣賞與信任，狄仁傑與李婉清互生情愫，而元芳與夢瑤也互生好感。幾人決定四處遊曆。一路打打鬧鬧，也屢遇凶險，經曆了鳶尾穀的亡靈案，孤島魔影案，九天玄女童謠殺人案後，狄仁傑與元芳成為摯交好友，兩對年輕人的情感也愈加濃烈。但敏感的狄仁傑卻始終感覺到了李婉清身世的複雜，以及身後一股神秘勢力在暗中的蠢蠢欲動……結束了一番遊曆的狄仁傑一行接到皇上的兩道密令將其急招回京。狄仁傑敏感地意識到京城可能要出大事，於是一行人馬不停蹄，奔赴京師！在王佑仁的布局下，王元芳和狄仁傑之間起了衝突！原來王仕飛認為狄仁傑被武媚娘利用，幫助其在宮裏爭寵，狄仁傑不以為然。也就在這個時候，狄知遜被王佑仁打入大牢，罪名竟然是密謀造反，王佑仁拿出了全套證據，包括索朗就是狄知遜在宮裏的內線，皇上大怒，將狄知遜打入天牢，也剝奪了狄仁傑查 案子的權力，武媚娘一樣受到牽連！狄仁傑克製情緒，繼續追查下去，發現這一切都是安排好的圈套，他決定要獨自查清楚真相，不過隨著調查的深入他發現這一切的最大黑手竟是王佑仁！同一時間元芳也發現了事情的蹊蹺……大明宮前，禁軍突然反戈，此時狄仁傑帶著皇上的貼身大內侍衛從旁殺出護駕，無奈整個禁軍都在王佑仁的控製下！在王佑仁的奉迎下，屠龍社的龍頭終於現身了！唐高宗驚訝不已，眼前的人竟是自己的“已故”皇兄李恪，最終的大戰打響了。
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