故事產生在1969年，阿波羅11號飛船即將升空。奈特和夥伴IQ、斯庫特盡管隻是三隻普普通通的蒼蠅，然而也為這一盛事激動不已。奈特的爺爺曾經跟奈特講過自己藏在聞名女飛行員艾米麗特的飛機上，與其一起飛躍大西洋的故事。這次奈特也想仿效爺爺的做法，借此成為第一隻登上月球的昆蟲。經過一番周折後，蒼蠅奈特終於成功登陸月球，然而沒想到蘇聯因為惱怒於在太空競賽中的失敗，決定派遣間諜蒼蠅，暗地裏破壞阿波羅11號的航程。在這危急關頭，奈特必須要及時製止它們的陰謀……
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