終極蜘蛛俠第二季主要講訴了從2000年開始的新係列。以《神奇蜘蛛俠》為藍本，重新開始蜘蛛俠的故事。人物設計也與原版不同，更滿足21世紀的風格。目前連載至160期，大事件“蜘蛛俠之死”已結束。在160期中綠惡魔與Peter Parker互擊而死。此後開始新係列《終極漫畫 全新蜘蛛俠》，主角換為一個拉丁混血的少年。
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