影片片承接第二集的故事，一場為尋找自由的的漫長驚世戰爭正式展開。錫安的人們麵臨母體機械大軍的入侵，人類也賭上所有武力，發動最大攻勢，將整場戰役由地麵延伸到母體的天空，此外，救世主尼奧與宿敵計算機特工史密斯也將展開一場絕命殊死戰
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