本作是為了紀念在1996年起開始的《遊戲王》係列漫畫連載二十周年所推出的動畫電影。 在跨越無數的試練後，武藤遊戲與身體內的另一人格“暗遊戲”進行最終決戰並獲勝，在作出正式訣別後踏上各自的旅途。 在經曆一段時間後，遊戲等人重新回歸平凡的生活。然而，一名自稱藍神的神秘少年卻出現在他們的眼前。另一方麵，將暗遊戲視為勁敵的海馬瀨人，在暗遊戲消失的地方發掘“千年積木”並打算將其重新完成，試圖再度複活暗遊戲。
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